Научна, односно међуинституционална сарадња се спроводи већ дужи низ година у оквирима основних активности Института. Сарадња се обавља са међународним и националним институцијама које се баве истим или комплементарним делатностима.
Циљ склапања међуинституционалних споразума и уговора јесте развој научнотехничких веза, организација заједничких истраживачких програма у области теренских и кабинетских истраживања, развоја нових метода истраживања, научних стажирања истраживача и стручног особља, организација научних скупова и конференција, те размена предавачких искустава.
Програми се односе на следеће категорије интер-институционалне сарадње:
- Билатералну сарадњу
- Прекограничну територијалну сарадњу
- Сарадњу са регионалним и интернационалним институцијама
- Сарадњу у оквиру Европске Уније и шире
Од 2015. године у оквиру Института формирана је посебна јединица за спровођење међуинституционалне сарадње. Сарадници из канцеларије за међународну сарадњу управљју пројектима, програмима и другим видовима сарадње са интернационалним, али и домаћим партнерима.